（一）虚开增值税专用发票数额的认定

虚开增值税专用发票的真正危害在于抵扣税款，从而给国家税款造成损失。对于确有证据证实行为人主观上不具有偷骗税目的，客观上也不会造成国家税款流失的虚开增值税专用发票行为，不应以虚开增值税专用发票犯罪论处。在行为人虚开销项发票后，为了抵扣又让他人虚开进项发票即“虚进虚出”的情形下，不应将虚开的销项税额与进项税额累计计算，而应当按照销项与进项中数额较大的一项进行计算。因为，行为人为他人虚开发票后，为了取得进项抵扣依据，使自己免缴或者少缴开出发票后所应缴纳的销项税款，又为自己虚开或者让他人为自己虚开进项发票的，此时由于行为人不存在实际的商品交易，也就不负有纳税义务，虚开的进项税额仅仅是用作冲抵虚开销项发票差额，进项部分没有骗取国家税款，只有虚开的销项发票被抵扣才造成了国家税款的损失。

（二）虚开增值税专用发票造成损失的认定

参照最高人民法院《关于适用<全国人民代表大会常务委员会关于虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定>的若干问题的解释》的精神，所谓给国家税款造成损失的数额，实际上就是被骗取的国家税款在侦查终结以前无法追回的部分。因此，并非被骗取的国家税款数额就是给国家造成的损失。对于那些已经追回以及能够追回的税款数额部分，在认定损失时应当予以剔除。司法实践中对“能够追回”的税款数额部分，应当正确处理。对于仍在正常经营的受票单位，如税务机关或侦查机关向他们追缴被骗取的税款能够追回的，对该部分不宜作为损失数额计算在内。只有在受票单位已经不复存在，或者虽然存在，但因资不低债而无法追回损失等情形才能计入给国家造成的税款损失中。另外，在认定给国家利益造成的损失时，还应当将行为人或其家属退赔的数额，以及税务机关向开票单位申领增值税专用发票时预收的税款部分从中予以剔除。